Le premier document connu qui témoigne de l’existence de Bonaguil date de 1271. Il fait état de la prise de possession de l’Agenais par Philippe III le Hardi, Roi de France. La place forte est alors agrémentée d’une simple tour de pierre, base du donjon actuel. Vers le début du XVe siècle, une deuxième campagne de construction lui donne son aspect définitif. Un premier logis, modeste, s’y ajoute.
Arrive alors le puissant Bérenger de Roquefeuil (1448-1530), issu de l’aristocratie du Quercy et du Rouergue, qui va consacrer plus de trente années de sa vie à faire de Bonaguil la forteresse de légende qu’elle est aujourd’hui.
Il dote le château-fort d’une énorme barbacane, de 6 tours dont une est parmi les plus belles du pays, de sept ponts-levis, d’une chicane, d’une casemate, de canonnières et d’une tour moineau percée de meurtrières pour une défense plus incisive encore des fossés.
La forteresse est à nouveau remaniée dans la seconde moitié du XVIIIe siècle par Marguerite de Fumel.
Elle aménage une esplanade, supprime les ponts-levis et réaménage les appartements seigneuriaux aux goûts du jour.
Elle décède peu avant la Révolution française qui se révèle dramatique pour le château : une loi de 1793 donne l’ordre d’abattre les constructions jusqu’au corps de logis et de décapiter les tours. Huisseries et bois sont enlevés et la demeure est pillée puis abandonnée à son triste sort.
La commune de Fumel se porte acquéreur de Bonaguil en 1860 et le fait classer au titre des Monuments Historiques dès 1862. Elle y poursuit encore de nos jours une véritable action de mécénat ouvrant largement Bonaguil aux nombreux visiteurs qui y passent chaque année.